Organizačná štruktúra Generálnej prokuratúry Slovenskej republiky je uvedená v druhej časti v čl. 2 príkazu generálneho prokurátora Slovenskej republiky por. č. 11/2024 z 18. marca 2024 o organizácii, riadení a kontrole práce na prokuratúre (organizačný poriadok). Osobitné orgány zriadené na základe zákona sú uvedené v čl. 27 až 28 tohto príkazu. Pomocné a poradné orgány sú uvedené v čl. 29 tohto príkazu.

Generálna prokuratúra Slovenskej republiky sa člení na tieto organizačné zložky:

1. Kanceláriu generálneho prokurátora Slovenskej republiky,
2. trestný odbor:
   • oddelenie majetkovej kriminality,
   • oddelenie násilnej a všeobecnej kriminality,
   • prieskumné oddelenie,
   • referát väzenstva,
3. oddelenie závažnej kriminality,
4. oddelenie európskych delegovaných prokurátorov,
5. medzinárodný odbor:
   • oddelenie právneho styku s cudzinou a extradícií,
   • oddelenie medzinárodného práva verejného a európskych záležitostí, 
6. netrestný odbor:
   • oddelenie dozoru orgánov verejnej správy,
   • oddelenie civilného procesu a právneho zastupovania,
7. odbor legislatívy, stratégie a ústavného práva:
   • oddelenie legislatívy,
   • oddelenie stratégie a analytických činností,
   • oddelenie ústavného práva a ochrany ľudských práv,
8. ekonomický odbor:
   • oddelenie rozpočtu a verejného obstarávania, 
   • oddelenie financovania a kontroly,
   • oddelenie hospodárskej správy,
9. register trestov:
   • oddelenie správnych činností,
   • oddelenie prevádzky informačného systému registra trestov, 
   • oddelenie koncepcie a rozvoja informačného systému registra trestov a mikrofilmovej archivácie a indexácie,
10. odbor informatiky:
    • oddelenie stratégie rozvoja IS a rezortnej štatistiky,
    • oddelenie prevádzky IS, informačnej bezpečnosti a zverejňovania,
11. osobný úrad:
    • oddelenie prokurátorov a právnych čakateľov prokuratúry,
    • oddelenie štátnych zamestnancov a ostatných zamestnancov prokuratúry,
    • oddelenie vzdelávania a ďalších činností, 
    • referát správy registratúry,
12. referát ochrany utajovaných skutočností,
13. referát vnútorného auditu,
14. manažéra kybernetickej a informačnej bezpečnosti,
15. zodpovednú osobu za ochranu osobných údajov.

Kancelária generálneho prokurátora Slovenskej republiky, register trestov a osobný úrad majú postavenie odboru. 

Riadenie Generálnej prokuratúry Slovenskej republiky a jej organizačných zložiek je uvedené v čl. 3 až 11 príkazu generálneho prokurátora Slovenskej republiky por. č. 11/2024 z 18. marca 2024 o organizácii, riadení a kontrole práce na prokuratúre (organizačný poriadok).

Pôsobnosť jednotlivých organizačných zložiek Generálnej prokuratúry Slovenskej republiky je uvedená v čl. 12 až 26 príkazu generálneho prokurátora Slovenskej republiky por.  č. 11/2024 z 18. marca 2024 o organizácii, riadení a kontrole práce na prokuratúre (organizačný poriadok).

Na Generálnej prokuratúre Slovenskej republiky pôsobia aj:

1. Komisia pre vydávanie záväzných stanovísk zriadená na základe § 11 zákona č. 153/2001 Z. z. o prokuratúre,
2. Bezpečnostný výbor Generálnej prokuratúry Slovenskej republiky v oblasti kybernetickej bezpečnosti a informačnej bezpečnosti zriadený na základe zákona č. 95/2019 Z. z. o informačných technológiách vo verejnej správe a o zmene a doplnení niektorých zákonov a vyhlášky Úradu podpredsedu vlády Slovenskej republiky pre investície a informatizáciu č. 179/2020 Z. z., ktorou sa ustanovuje spôsob kategorizácie a obsah bezpečnostných opatrení informačných technológií verejnej správy,
3. Škodová  komisia Generálnej prokuratúry Slovenskej republiky zriadená na základe § 184 ods.  1 písm. a)  zákona č. 154/2001 Z. z. o prokurátoroch a právnych čakateľoch prokuratúry,
4. výberové komisie
   • zriadené na základe zákona č. 154/2001 Z. z. o prokurátoroch a právnych čakateľoch prokuratúry:
     • na výberové konanie na funkciu prokurátora,
     • na výberové konanie na funkčný postup prokurátora,
     • na výberové konanie na funkciu právneho čakateľa prokuratúry, 
   • zriadené na základe zákona č. 55/2017 Z. z. o štátnej službe a o zmene a doplnení niektorých zákonov na obsadenie štátnozamestnaneckého miesta,
   • zriadené na základe zákona č. 286/2018 Z. z. o výbere kandidátov na funkciu európskeho prokurátora a európskeho delegovaného prokurátora v Európskej prokuratúre
     • na výberové konanie na kandidáta na funkciu európskeho prokurátora,
     • na výberové konanie na kandidáta na funkciu európskeho delegovaného prokurátora,
5. osobitná komisia na vypracovanie návrhu rozhodnutia o rozklade
   • proti rozhodnutiu o odmietnutí požadovanej informácie na základe zákona č. 211/2000 Z. z. o  slobodnom prístupe k informáciám a o zmene a doplnení niektorých zákonov (zákon o slobode informácií) v znení neskorších predpisov (ďalej len „zákon č. 211/2000 Z. z. o slobode informácií“),
   • proti rozhodnutiu o zastavení konania o sprístupnenie informácie, ak sa v  tej istej veci právoplatne rozhodlo a skutkový stav sa podstatne nezmenil,
   • proti rozhodnutiu, ktorým sa mimo odvolacieho konania zrušuje alebo mení rozhodnutie vydané na základe zákona č. 211/2000 Z. z. o slobode informácií,
6. poradná komisia na účely preskúmania návrhu alebo podnetu týkajúceho sa menej závažného porušenia služobnej disciplíny štátnym zamestnancom.

Generálna prokuratúra Slovenskej republiky na základe zákona č. 154/2001 Z. z. o prokurátoroch a právnych čakateľoch prokuratúry administratívne, organizačne a materiálne zabezpečuje činnosť aj:

• Etickej komisie prokuratúry,
• zhromaždenia prokurátorov Generálnej prokuratúry Slovenskej republiky, ktoré je v rámci svojej územnej pôsobnosti najvyšším orgánom samosprávy prokurátorov,
• Prokurátorskej rady Generálnej prokuratúry Slovenskej republiky, ktorá je v rámci svojej územnej pôsobnosti najvyšším výkonným orgánom samosprávy prokurátorov.

Generálna prokuratúra Slovenskej republiky je sídlom aj Rady prokurátorov Slovenskej republiky, ktorá je najvyšším výkonným orgánom samosprávy prokurátorov s celoštátnou pôsobnosťou (§ 219 ods. 4 zákona č. 154/2001 Z. z. o prokurátoroch a právnych čakateľoch prokuratúry).